אתר אבן העזר נמצא בגבעה המזרחית בסמוך לבית העלמין בראש העין (נ"צ 1680, 1466) ואין לבלבל אותו עם תל אפק - מבצר אנטיפטרוס, העיר הקדומה והגדולה השוכנת בסמוך למעיינות הירקון, מערבית לראש העין. החפירות במקום נוהלו בין השנים 1978-1976 כחלק מסקר ארכיאולוגי באזור כולו וכהכנה לקראת היישוב העירוני שעתיד היה לקום באזור. הממצאים מעידים כי המקום היה על יישוב התנחלות ישראלי, כנראה אחת ממשפחות שבט אפרים או מנשה. בתקופה מאוחרת יותר היווה המקום את גבול ההתיישבות הישראלית בהר.
באתר נתגלו שלוש שכבות ארכיאולוגיות החל מהמאה ה-12 וה-13 לפני הספירה. בשכבה זו השרידים מועטים. השכבה השנייה, שהיא העיקרית והחשובה, מעידה על יישוב ישראלי מתקופת השופטים (סביב 1150 לפני הספירה), עם מבנה מרכזי וייחודי לבנייה הישראלית בתקופה, מה שקרוי "בית ארבעת המרחבים". בשטח שבין הבניין העיקרי, הוא בית ארבעת המרחבים ומבנים אחרים בהיקף הגבעה, נתגלו עשרות בורות ממגורה, שנועדו ככל הנראה לאיסום גרעיני תבואה. בתוך אחת הממגורות הללו (ממגורה 506) נתגלה האוסטרקון החשוב (ראה הסבר מפורט בהמשך) על ידי נער צעיר, שהיה מתנדב במשלחת החפירה של אוניברסיטאות תל-אביב ובר-אילן. החפירות במקום נוהלו ע"י ד"ר ישראל פינקלשטיין, ונערכו בין השנים 1976 - 1978.
