תל אפק שוכן ליד מעיינות הירקון שיצרו במקום מקווה מים רחב ידיים. מקור המים האיתן, האפשרות להתגונן באמצעותו והקרקע הפורייה שמסביבו היו נתונים מכריעים בבחירתו למקום ישוב. הירקון היווה בעבר מחסום יעיל בפני העוברים בדרכים, שהגיעו מצפון ומדרום, והם נאלצו לעקוף אותו במעבר הצר שנותר בין המעיינות ובין הרי שומרון שממזרח.
היום משתרע התל על שטח של כמאה ועשרים דונם, אך בחלק מהתקופות הקדומות היה השטח המיושב גדול אף יותר. העיר המקראית אפק נכבשה על ידי יהושע בן-נון וחלשה על הרצועה הצרה שבין הירקון ובין ההרים שבה עברה דרך הים.
מאפק הוליכה דרך לשילה - מרכז דתי לשבטי ישראל בתקופות ההתנחלות והשופטים. ליד אפק נערכו הפלשתים למלחמה בבני ישראל, מלחמה שנסתיימה בתבוסת בני ישראל ובחורבן שילה.
בשנת ה- 20 לפני הספירה הקים כאן הורדוס עיר חדשה והוא קרא לה אנטיפטרוס (על שם אביו).
במצודה החרבה שבראש התל (קלעת ראס על עין) יש שרידי חאן מבוצר שהוקם בסוף המאה ה-13.
בימי השלטון הממלוכי היה פה כפר ערבי בשם אל עוג’א. אלכסנדר ינאי החשמונאי חפר תעלת ביטחון מאנטיפטרוס עד יפו ולאורכה הקים חומה עם מגדלי שמירה. כאן חנו ליגיונות רומא, שעלו לדכא את המרד בירושלים בשנת 70 לספירה. בימי השלטון התורכי על יסודות מצודה צלבנית נבנו מבצר ופונדק, ששרידיהם נשתמרו עד היום.
השלטון הבריטי הקים מכון לשאיבת מים מצפון למבצר, ומהקידוחים שנערכו בשטח סופקו מים לירושלים במלחמת השחרור.
ב- 1921 הניחו את מסילת הברזל פתח תקוה - ראש העין, שהעבירה את מטעני פרי ההדר למקומות שונים בארץ. עם קום המדינה היה מבצר אנטיפטרוס בשטחה של המועצה האזורית מעלות אפק.
בראשית שנת 1994 עבר האתר לידי רשות שמורות הטבע. היא מפתחת אותו ופותחת שעריו בפני הקהל הרחב.
