כדי להסדיר את הזרימה ולמנוע סחף או מגע בין הצמחייה למים, וכן למנוע זרימה חוזרת של מי הירקון בעונת השיטפונות, הוזרמו מי המעיינות למאגר באמצעות צינורות. לאורך גדות האפיקים השונים נבנו קירות מבטון ונסלל שביל הנשמר במצב פנוי מצמחים. שטח פני המים במאגר מגיע ל- 34 דונם. כמו כן תפקידו לשמור על רום מים קבוע של 16.20 מ`. מצד המגוף לכיוון הירקון נמצא שסתום חד-כיווני למניעת זרימה חוזרת של מים מהירקון בעונת השיטפונות. נוסף על כך נחפרה תעלה היקפית להטיית מי שיטפונות לתוך הירקון מעבר לסכר. השטח נוקה מהצמחייה הפראית, ניטעו בו עצים והוא הוקף גדר כדי למנוע כניסת בעלי חיים העלולים לזהם את המים.
מעיינות הירקון ניזונים מאגן תת-קרקעי, שבעמקי ההרים ומורדותיהם בחלקם הצפוני-מערבי. אפשר לדמות את אגן הירקון לכלי מים שיש לו נקב בצדו. נקב זה הוא "מוצא הירקון". פרט למוצא זה יכולים המים לצאת מן האגן רק באמצעות קידוחים הפזורים על פניו.
כמות המים השנתית המופקת מהאגן צריכה להשתוות לכמות השנתית הממוצעת, כ- 200 מיליון מטרים מעוקבים מים לשנה, המוחזרת אליו על ידי הגשמים. ספיקת מעיינות ראש העין אינה קבועה, והיא נעה בין 9 ל- 15 מיליון מ"ק לחודש.
בעבר, לפני הפעלת "המוביל הארצי" (יוני 1964), נשאבו מי המעיינות באמצעות משאבות אנכיות אל תוך צינור היניקה של תחנת ראש העין, ממנה יצאו לדרכם אל הדרום והנגב הצפוני. המים שהזינו את המעיינות בעבר נשאבים היום מתוך האקוויפר, שכבה תת קרקעית נושאת מים, באמצעות קידוחים. רמת מליחותם של מים אלה נמוכה יותר ואיכותם טובה יותר. קידוחים אלה מספקים היום מים ליישובים שבמרחב גוש דן וליישובים שמדרום לו.
מפעל ירקון-נגב
מפעל ירקון-נגב הנמצא דרומה מראש העין, מהווה היום את חלקו הדרומי של המפעל הארצי.
בזמנו היה זה מפעל מים עצמאי שנחשב לגדול מפעלי המים שקדמו למוביל הארצי. בבניית המפעל הוחל בינואר 1952 והוא נחנך ביולי 1955, הקו המערבי הושלם רק ב- 1691.
מה הייתה מטרת המפעל?
שיקולים שונים הביאו את ממשלת ישראל לתמוך במימוש מפעל הירקון: ראשית, בנגב הצפוני ישנם כ- 1.5 מיליון דונם אדמה חקלאית טובה הניתנת לניצול יעיל בהשקיה. שטח זה היווה למעשה את הרזרבה הקרקעית העיקרית בארצנו. שנית, מטעמים ביטחוניים ומדיניים היה עניין רב למדינה ביישובו המהיר והצפוף של הנגב, דבר שהיה בלתי אפשרי ללא הבאת מים למקום. ושלישית, כמות המשקעים בנגב היא כה קטנה, שיש צורך בהשקיית עזר גם לגידולי החורף. הבאת מי הירקון לנגב הצפוני אפשרה השקיה של כ- 150,000 דונם נוספים, כלומר: כ- 75 יישובים או 6,000 יחידות משקיות נוספות.
כיום המפעל הזה מאחד ומקשר את מפעלי המים האזוריים בדרום הארץ, מאפשר העברות מים ביניהם וניצול חסכוני של המקורות. כמו כן, הוא משולב במוביל הארצי וממלא חלק מתפקידיה של מערכת המים הארצית.
הירקון
בעבר, עד 1964, נחשב הירקון לנהר השני בגודלו בארץ ישראל. אולם, עם הזרמת מימיו הנובעים ממעיינות ראש העין במפעל ירקון-נגב לדרום הארץ, הוא חדל להתקיים כנהר. הירקון מהווה את הגבול בין השרון צפונה ובין השפלה דרומה. על שמו מפעל ירקון-נגב. ערוציו וסעיפיו מתפשטים מזרחה, בהרי יהודה ובשומרון. שטח ההתנקזות של הירקון משתרע על כ- 1,860 קמ"ר. הירקון הוא הרחב בנחלים היורדים ונשפכים אל הים התיכון, אחרי נחל בשור.
ערוצי הירקון מראש העין מזרחה יבשים רוב ימות השנה ומתמלאים מים רק בימות הגשמים. פלג חשוב של הירקון הוא נחל אילון. אחד מערוציו החשובים הוא נחל האלונים.
ערוץ אחר המתפתל בהרי שומרון נקרא בפי הערבים "תלעוג`ה" (העקום) בגלל פיתוליו הרבים. ערוצים נוספים של הירקון הם נחל קנה, נחל רבה, העובר בראש העין, ונחל שילה. כל אלה מעשירים את האגן התת-קרקעי של הירקון.
ההבדל בין האגנים התת-קרקעיים המשתרעים לאורך מישור חוף הים התיכון - אגני החול לבין אגן הירקון הוא בכך שמי אגני החול זורמים תמיד אל הים. שנות הבצורת של סוף שנות ה- 50 ותחילת שנות ה- 60 גרמו לכך שהאגנים לא התמלאו. יתרה מזו: באותן שנים שחונות גברה צריכת המים, וכדי להדביקה היה צורך לשאוב מים מעל למותר מבחינה הידרולוגית, מה שמכונה "שאיבת יתר". כדי למנוע המלחתם של אגני החול הוגבר ניצולו של אגן הירקון עד כדי כך ששפיעתו נפסקה והוא יבש. רק החורף הגשום של 1964, הראשון לאחר כמה שנות בצורת, העלה מחדש את מפלס המים באגן וחידש את זרימת המעיינות בראש העין.
המידע ניתן על ידי הממונה על הסברה ויחסי ציבור במפעל "מקורות" , מר מרדכי יעקובוביץ.
הירקון תמיד ירוק
בעבר נחשב הירקון הנחל השני בגודלו בארץ. בעל צמחיית מים עשירה. שפע המים והאדמה הפורייה מהווים מקור משיכה להתיישבות.
ניתן לשלב ביקור בתחנת השאיבה ראש העין.
סיור רגלי במעלה הירקון - טחנת קמח, פילבוקס, חוות קאסר, טחנת אבו ראבח, בית הבטון, כפר הבפטיסטים.
נחל רבה
נחל רבה, אחד מיובלי הירקון, זורם למרגלות הרי שומרון עד לצפון ראש העין. הנחל הוא הקטן מבין יובלי הירקון. תחילתו בקרבת הכפרים בידיה וקרוות שבשומרון.
הנחל רחב ועמוק בחלקו ההררי אך לקראת סופו הופך לצר ורדוד. הוא נשפך לירקון מול כפר הבפטיסטים. מי הנחל נושאים עמם חומרי ריסוס הנשטפים מהשדות שמקיפים אותו מסביב.
התכנית המוצעת לפיתוח נחל רבה תהפוך את הנחל לאתר תיירותי ותכלול: חורשות עצים, מתקני נופש פעיל, מועדון רכיבה, משטח גלגיליות, מגרש כדור-רגל, אמפיתיאטרון, שבילים להולכי-רגל כולל גשר עץ ושבילים לרוכבי אופניים.
התכנון מלווה בהטיית הנחל והעמקת רום הנחל לכל אורכו. עבודות תכנון ופיתוח גדות הנחל ייעשו בשטח של כ- 115 דונם.